Nouveau développement de TopMod full parallèle MPI.

	mpi-TopMod version 25.01
	H. Chevreau, F. Fuster and J. Pilmé
	Bientôt disponible en téléchargement

Topologie de la densité électronique QTAIM avec

• lecture des fichiers ProAIM wfn et wfx
• calcul de la densité électronique sur une grille
• plusieurs méthodes de séparation de bassins
• recherche des chemins de liaison/cycle/cage
• création des surfaces intératomiques (IAS)
• plusieurs méthodes de recherche automatique des points critiques sans calculer de grille
• intégration de la densité électronique
• contributions des orbitales moléculaires
• création de fichiers cube et sbf
• création automatique d'un script VMD
• visualisation des points critiques, chemins, IAS et isosurfaces
• affichage des labels des points critiques

example du cubane :

Descripteurs locaux disponibles aux points critiques de la densité éléctronqiue :

• NACP - Point critique de l'attracteur nucléaire
• NNACP - Point critique de l'attracteur non nucléaire
• BCP - Point critique de liaison
• RCP - Point critique de cycle
• CCP - Point critique de cage
• pos - Position du point critique Rho
• rho - Densité électronique
• shape - Fonction s (rho/Nelec)
• radd - Distribution radiale (4*pi*R²*rho)
• grho - Gradient de la densité électronique
• ngrho - Norme du gradient de densité électronique
• hme - Valeurs propres de la matrice hessienne de rho (ordre croissant)
• elpc - Ellipticité
• lap - Laplacien de rho (fonction -4L)
• lagr - Densité lagrangienne = (-1/4)lap
• rdg - Gradient de densité réduit
• bdm - Métallicité de liaison (rho/Lap)
• sed - Densité de l'entropie de Shannon (-rho.ln(rho))
• Relation Hopf-Poincaré
• Nombre de chemins de liaisons (NACP-BCP-NACP) et distances
• Table de connexions des chemins de liaisons
• Nombre de chemins de cycles (BCP-RCP) et distances
• Table de connexions des chemins de cycles
• Nombre de chemins CCP-RCP et distances
• Table de connexions des CCP-RCP
• Distances entre les (N)NACP
• Angles entre les (N)NACP
• Distances entre les points critiques
• Angles entre les points critiques

Résultats de l'intégration dans les bassins :

• volume
• population
• charge
• contributions des OM

limitations

• Hartree-Fock et fonctionnelle de la densité

A venir :

• interface graphique comme TopMod_GUI
• nouvelles fonctions locales : ELF, NCI
• utilisation des pseudopotentiels

Version antérieure de TopMod :

Le programme TopMod est distribué sous licence Gnu. Son utilisation est gratuite, vous pouvez le télécharger. Merci de nous citer : S. Noury, X. Krokidis, F. Fuster and B. Silvi, Comput. Chem., 1999, 23, 597

Pour compiler et installer

1. Extraire les fichiers de l'archive topmod09.tar: tar -xvf topmod09.tar
2. Editer le fichier Makefile et remplacer ifort par votre compilateur fortran
   Affecter à DEST le nom de votre répertoire de fichiers exécutables
3. Compilation: make all
4. Copie des fichiers exécutables dans le répertoire DEST (sous root éventuellement): make install
5. make clean

Références:

1. S. Noury, X. Krokidis, F. Fuster and B. Silvi, Computers and Chemistry, 23, 597. (1999)
2. E. Matito, B. Silvi, M. Duran and M. Solà, J. Chem. Phys.,125, 024301 (2006)
3. F. Feixas, E. Matito, M. Duran, M. Solà and B. Silvi, J. Chem. Theor. and Comp., 2010, 2736-2742 (2010)

Manuel en ligne : TopMod user's manual (PDF)

• grid09 : calcul des fonctions locales (densité, laplacien de la densité et fonction ELF) à partir d'un calcul gaussian (option out=wfn). Choix de la taille et du pas de la boîte. A la sortie : fichiers contenant la fonction locale calculée sur la grille, titrewfn_rho.sbf (densité), titrewfn_lap.sbf (laplacien de la densité), titrewfn_elf.sbf (fonction de localisation électronique).
• bas09 : séparation des bassins par parcours du gradient de la fonction locale. A la sortie : fichiers contnenant les numéros des bassins de la densité (titrewfn_rbas.sbf) et de la fonction ELF (titrewfn_ebas.sbf).
• pop09 : calcul des populations, fluctuations (etc ...) des bassins. Sortie des résultats à l'écran.
• search09 : permet de trouver un point critique de la fonction locale ainsi que ses caractéristiques. Sortie des résultats à l'écran.

TopMod GUI version 1.1 (2023) en Python 3.8 et tkinter 8.6

TopMod_Gui v1.1 est l'interface fraphique de TopMod09, un programme in/out qui permet à la fois de créer les fichiers inputs pour effectuer des calculs TopMod09 mais aussi de visualiser les sorties TopMod09 (fichiers .elf, .rho, .col, .pop et .sbf).

Le programme TopMod_GUI v1.1 est gratuit. Merci de me citer : F. Fuster, TopMod_GUI v1.1 (2023), Theoretical Chemistry Laboratory (LCT), Sorbonne University/UMR CNRS 7616, Paris, France.

- Version pour Windows. Fichier à dézipper, par exemple, dans c:\topmodGUI11

- Version pour Linux.

• Configuration de TopMod_GUI : lors de la première utilisation du programme, vous devez indiquer où est installé le programme VMD. Le chemin est sauvegardé dans le fichier .topmodgui.rc :
  • Windows : c:\Program Files\VMD\vmd.exe
  • Linux: /usr/local/bin/vmd
  
• Interface utilisateur pour générer et visualiser les fichiers de TopMod09. Programme disponible sous Windows (Linux à venir).
  
  
• avec un module sbf2cube pour tranformer les fichiers SBF de TopMod09 en fichier CUBE de gaussian avec la possibilité de changer la taille de la grille 3D.
  
  
• avec le module cube2vmd pour lire les fichiers CUBE (ebas, esyn ou rbas) avec VMD.
  
  
  
  
  

Visualisation 3D : OrbiMol

• Exemples de la topologie de la function ELF : OrbiMol section topologie (H₂O, C₂H₆, C₂H₄, C₂H₂, C₆H₆, (FH)₂, NH₃BH₃, FHF^-, H₂O₂, H₂S₂^.-, ...).