Fuster Franck

Maître de Conférences à la Faculté des Sciences et Ingénierie, Sorbonne Université.

Le programme TopMod est distribué sous licence Gnu.

Son utilisation est gratuite, vous pouvez le télécharger.

Merci de nous citer :
S. Noury, X. Krokidis, F. Fuster and B. Silvi, Comput. Chem., 1999, 23, 597

water ELF

Pour compiler et installer
  1. Extraire les fichiers de l'archive topmod09.tar: tar -xvf topmod09.tar
  2. Editer le fichier Makefile et remplacer ifort par votre compilateur fortran
    Affecter à DEST le nom de votre répertoire de fichiers exécutables
  3. Compilation: make all
  4. Copie des fichiers exécutables dans le répertoire DEST (sous root éventuellement): make install
  5. make clean

Références:

  1. S. Noury, X. Krokidis, F. Fuster and B. Silvi, Computers and Chemistry, 23, 597. (1999)
  2. E. Matito, B. Silvi, M. Duran and M. Solà, J. Chem. Phys.,125, 024301 (2006)
  3. F. Feixas, E. Matito, M. Duran, M. Solà and B. Silvi, J. Chem. Theor. and Comp., 2010, 2736-2742 (2010)

Manuel en ligne : TopMod user's manual

  • Top_grid : calcul des fonctions locales (densité, laplacien de la densité et fonction ELF) à partir d'un calcul gaussian (option out=wfn). Choix de la taille et du pas de la boîte. A la sortie : fichiers contenant la fonction locale calculée sur la grille, titrewfn_rho.sbf (densité), titrewfn_lap.sbf (laplacien de la densité), titrewfn_elf.sbf (fonction de localisation électronique).
  • Top_bas : séparation des bassins par parcours du gradient de la fonction locale. A la sortie : fichiers contnenant les numéros des bassins de la densité (titrewfn_rbas.sbf) et de la fonction ELF (titrewfn_ebas.sbf).
  • Top_pop : calcul des populations, fluctuations (etc ...) des bassins. Sortie des résultats à l'écran.
  • Top_search : permet de trouver un point critique de la fonction locale ainsi que ses caractéristiques. Sortie des résultats à l'écran.

Logiciels annexes

  • Traitement du calcul TopMod : runtopmod, script bash/awk permettant de lancer en automatique un calcul TopMod (accès sur demande)
  • Traitement des fichiers résultats wfn (générés par gaussian) : wfn2xyz, wfn2pov, wfn2pdb (accès sur demande)
  • Traitement des fichiers calculs ADMP (sortie gaussian) : md2dist, md2angle, md2pov, md2xyz, md2topmod (accès sur demande)
  • Exemples de la topologie de la function ELF : OrbiMol section topologie (H2O, C2H6, C2H4, C2H2, C6H6, (FH)2, NH3BH3, FHF-, H2O2, H2S2.-, ...).