Vers des simulations microsecondes en dynamique moléculaire polarisable : nouveaux algorithmes et nouvelles plateformes de calcul.
Jean-Philip PIQUEMAL
Laboratoire de Chimie Théorique, Université P. M. Curie Paris, France
Vendredi 5 Mai 2017, 11h00
bibliothèque LCT, tour 12 - 13, 4ème étage
Je montrerai dans mon exposé quelles sont les nouvelles techniques algorithmiques qui permettent au logiciel Tinker-HP d'atteindre des simulations de l'ordre de la microseconde sur des systèmes protéiques solvatés.
En parallèle, j'aborderai les alternatives qui s'offrent désormais à l'utilisation des processeurs de types CPU habituels. En effet, la montée en puissance des processeurs graphiques (GPU) NVIDIA et des processeurs manycore d'Intel (Xeon Phi) modifie profondément la manière de concevoir les codes suite à la multiplication des cœurs de calcul, laquelle engendre une évolution brutale de l'ordre de grandeur des simulations de dynamique moléculaire accessibles tant au niveau classique (mais polarisable) que Born-Oppenheimer ou QM/MM.