Approche QM/MM d'oxydations enzymatiques



Dr. E. DERAT

Laboratoire de Chimie Organique - UMR 7611 Université Pierre et Marie Curie, Paris 6

Jeudi 25 octobre 2007, 14h30
Salle RAPHAEL 1 - site d'Ivry-sur-Seine

Environ 30% des enzymes possèdent un centre métallique et sont en grande partie impliquées dans des mécanismes d'oxydo-réduction. Au cours de ce séminaire, le mode de fonctionnement de 3 enzymes impliquées dans ce type de processus sera discuté au moyen d'une approche théorique hybride de type QM/MM. En premier lieu, le cycle catalytique de HorseRadish Peroxidase (HRP) avec les étapes de génération des radicaux phénoliques sera décrit. On s'attachera en particulier à montrer le rôle des SOMO dans ce processus. Dans un deuxième temps, l'utilisation d'une méthode QM/MM dans le cadre de la détermination structurale d'un intermédiaire réactionnel du cycle catalytique de Chloroperoxidase (CPO) sera abordée. On montrera que la combinaison radiolyse cryogénique/diffraction en synchrotron/modélisation QM/MM est particulièrement efficace pour obtenir une caractérisation d'intermédiaire instable. Enfin, nous discuterons des récents progrès obtenus pour Nitric Oxide Synthase (NOS) via une approche QM/MM de l'état de protonation du site actif. On montrera en particulier dans quelles conditions est obenue une espèce oxydante avec un cofacteur radicalaire et comment les calculs QM/MM peuvent servir à caractériser expérimentalement l'espèce active.